任何事物的发展都具有两面性，公允价值计量方式也存在着不尽如人意的缺陷。

1.按照定义，公允价值是以契约为基础对未来交易的估计，是估计的未实际发生但将进行现行交易的价格，估计和尚未实际发生的现行交易成为公允价值的重要特点。虽然市场价格是公允价值的基础，甚至可以说是公允价值的最佳估计，然而公允价值不同于市场价格:第一，公允价值不是建立在过去己发生的交易(含事项)基础上，甚至也不是建立在现行交易的基础上;第一，它是熟悉交易的双方意欲进行交易，而参照现行交易所达成的购买一项(或一批)资产，转移(清偿)一项负债的金额;第二，由于契约(双方愿意买卖)己经签订，交易尚未开始进行或i1，在进行中，但尚未完成。在这种情况下，不可能产生己发生交易的成本或价格。因此，公允价值只能是一种参照现行交易的估计价格。而历史成本和现行成本都是实际价格，这种估计价格给会计人员出了难题同时也留下了操作的空间。

2.按国内外关于公允价值的定义，投机、炒作等非理性行为所体现的不合理定价，只要不是强迫交易的结果，也包含在公允价值之中，这不能不说是其一大缺陷。

3.美国第157号准则《公允价值计量洲守公允价值定义为“市场参与者在计量日的有序交易中，假设将一项资产出售可收到或将一项负债转让应支付的价格”。这个最新定义假设所计量的资产或负债存在着一个习以为常的交易市场。但本次次贷危机表明，这一假设并非永远成立。例如因为投资者过度恐慌和信贷极度萎缩,CDO的市场交易己经名存实亡。同样地，准则也没有考虑流动性缺失的资产对公允价值计量的影响问题。

4.鉴于公允价值作为一种计量属性，其确认过程本身需要评估人员主观的判断、估计和预测，可能由此而影响按照公允价值披露的会计信息的可靠性。同时，公允价值的计量还要求能够得到具有较高的独立性和专业性估价信息，否则就有可能会导致这一类会计准则在执行的随意性，出现人为操纵利润的情况。

5.公允价值原则在次贷危机中造成了顺周期效应，即市场高涨时，由于交易价格高，容易造成相关金融产品价值的高估，市场低落时，由于交易价格低往往造成相关产品价值的低估。在本次危泪L中，由于债券价格的公允价值下降，投资人的信心受到打击从而继续抛售债券，进而造成债券价格的新一轮下跌。而对于金融机构来说，很容易就陷入交易价格下跌一提取跌价准备、核减权益—恐慌性抛售一价格进一步下跌一继续加大跌价准备的计提、继续核减权益的恶性循环。

以花旗、美林、瑞银,AIG(美国国际集团)、白-仕通为代表的金融机构就指出，在次贷危机中，按公允价值对ABS(资产支持证券),MBS(抵押贷款支持证券)和CDO(抵押债务债券)等次债产品进行计量，导致金融机构确认巨额的未实现目未涉及现金流量的损失。这些天文数字般的“账面损失”，扭曲了投资者的心理，造成恐慌性抛售持有次债产品的金融机构股票的风潮。这种非理性投机行为反过来又迫使金融机构不惜代价降低次债产品的风险暴露，本己脆弱不堪的次债产品市场濒临崩溃，金融机构不得不在账上进一步确认减值损失，从而形成极具破坏性的恶性循环。公允价值会计这种独特的反馈效应，使其在次贷危机中事实上起了推波助澜的作用。