自签证书
在用于小范围测试等目的的时候，用户也可以自己生成数字证书，但没有任何可信赖的人签名，这种自签名证书通常不会被广泛信任，使用时可能会遇到计算机软件的安全警告。

根证书
根证书也是一种自签证书，但是获得广泛认可，通常已预先安装在各种软件（包括操作系统、浏览器、电邮软件等），作为信任链的起点，来自于公认可靠的政府机关（如香港邮政）、软件公司（如Google、Let's Encrypt）等，与各大软件商透过严谨的核认程序才在不同的软件广泛部署。由于部署程序复杂费时，需要行政人员的授权及机构法人身份的核认，一张根证书有效期可能长达十年以上。在某些企业，也可能会在内部计算机自行安装企业自签的根证书，以支持内部网的企业级软件；但是这些证书可能未被广泛认可，只在企业内部适用。

中介证书
认证机构的一个重要任务就是为客户签发证书，虽然广泛认可的认证机构都已拥有根证书，相对应的私钥可用以签署其他证书，但因为密钥管理和行政考虑，一般会先行签发中介证书，才为客户作数字签署。中介证书的有效期会较根证书为短，并可能对不同类别的客户有不同的中介证书作分工。

授权证书
授权证书又称属性证书，本身没有公钥，必须依附在一张有效的数字证书上才有意义，其用处是赋予相关拥有人签发终端实体证书的权力；某些情况下，如果只在短期内授予证书机构签发权力，便可以不改变（缩短）该机构本身持有的证书的有效期。这种情况，类似于某人持有长达十年期的护照，而只透过签发短期入境签证，来个别赋予护照持有人额外权力。

终端实体证书
其他不会用作签发其他证书的，都可称为终端实体证书，在实际的软件中部署，以便创建加密通道时应用。

TLS服务器证书
服务器通常以域名形式在互联网上提供服务，服务器证书上主体的通用名称就会是相应的域名，相关机构名称则写在组织或单位一栏上。服务器证书（包括公钥）和私钥会安装于服务器（例如Apache），等待客户端连接时协议加密细节。客户端的软件（如浏览器）会运行认证路径验证算法以确保安全，如果未能肯定加密通道是否安全（例如证书上的主体名称不对应网站域名、服务器使用了自签证书、或加密算法不够强），可能会警告用户。

通配符证书
主条目：通配符证书
如果服务器证书上主体的通用名称（或主体别名）一栏以通配符前缀，则该证书可以用于旗下的所有子域名，特别适合较具规模、或设有多个子网站的机构一次过申领，套用于多个服务器上；即使未来创建新的子域名，也可以套用。但通配符不可用于扩展认证证书上。

TLS客户端证书
有时候，某些TLS服务器可能会在创建加密通道时，要求客户端提供客户端证书，以验证身份及控制访问权限。客户端证书包含电子邮件地址或个人姓名，而不是主机名。但客户端证书比较不常见，因为考虑到技术门槛及成本因素，通常都是由服务提供者验证客户身份，而不是依赖第三方认证机构。通常，需要使用到客户端证书的服务都是内部网的企业级软件，他们会设立自己的内部根证书，由企业的技术人员在企业内部的计算机安装相关客户端证书以便使用。在公开的互联网，大多数网站都是使用登录密码和Cookie来验证用户，而不是客户端证书。

在台湾，中华民国内政部证书管理中心根据电子签名法负责签发自然人证书，让国民在网络使用各种政府服务。

客户端证书在RPC系统中更常见，用于验证连接设备的许可授权。