1)审计独立性不同
内部审计：为组织内部服务，接受总经理或董事会的领导，独立性较弱;
注册会计师审计：为需要可靠信息的第三方提供服务，不受被审计单位管理层的领导和制约，独立性较强。
(2)审计方式不同
内部审计：内部审计准则;
注册会计师审计：《注册会计师法》、执业准则、规则。
(3)审计的时间不同
内部审计：定期或不定期审计，时间安排比较灵活;
注册会计师审计：定期审计，每年对被审计单位的财务报表等资料审计一次。
(4)审计职责和作用不同
内部审计：结果只对本部门、本单位负责，只作为本部门、本单位加强和改进经营管理的参考，不对外公开;
注册会计师审计：需要对投资者和债权人及其他利益相关者负责，对外出具的审计报告具有鉴证作用。
(5)接受审计的自愿程度不同
内部审计：代表总经理或董事会实施的组织内部监督，是内部控制制度的重要组成部分，单位内部的组织必须接受内部审计人员的监督。
注册会计师审计：以独立的第三方对被审计单位进行的审计，委托人可自由选择会计师事务所。
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