1947年美国国防部（DOD）成立，法律赋予了美国国防部长作为DOD领导的角色，却从来没有实现过。每个军事部门（陆军、海军和空军）都认为联合任务对本部门有害，造成各军种力量失衡，国防部长缺乏必要的管理与控制工具以实施其战略，国防部长因没有独立的和综合的参谋机构保障，无法有效领导各军种，国防部长更像一个法官或裁判而不是领导。1961年，为了更好行使法律赋予国防部长的权力，时任美国国防部长麦克纳马纳（Robert McNamara），采取了两项重要而相互关联的行动，一是领导了所有DOD需求的系统分析，并将他们纳入一个五年的面向项目（Programs）的国防预算，另一个是领导组建了一个规范的合理资源分配系统，即后来的PPBS。两项重任落在了时任助理国防部长（审计）的查尔斯J.希奇（Charles J. Hitch）身上，他也被称为PPBS之父。PPBS的总体设计主要来自希奇和兰德（RAND）公司的其他人在1950年代末的工作。当时，PPBS以6个基本原则为基础：决策必须基于明确的国家安全而不是DOD机构；领导要将军事与经费需求考虑到一起；高级决策制订者必须一起考虑费用、力量和战略的平衡与可行；领导必须在最高政策决策级有并主动使用独立分析人员；系统的输出必须是一个多年的力量与财政计划；领导必须开展公开的和明确的分析，所有利益相关团体都可获得。
1963年4月，PPBS正式在DOD实施，麦克纳马纳宣布：“你不能通过自己问自己什么东西最好应当有，你不得不根据多少是就够了做出决策。”1968年，该系统被用于美国联邦政府预算的编制。英国，加拿大等国也纷纷采用该系统进行预算编制。1960年代末70年代初，受国债危机困扰的日本大藏省亦派员前往美国考察学习该系统，并期望引进。后因为各国逐渐发现了存在于该系统内的种种难以克服的缺点，该系统被逐渐弃用。
经过40多年的使用，PPBS经过了无数次的改进和调整，但一直保持其原始创意。PPBS的出现增加了国会对国防拨款的介入，国防拨款法案已经从原来的不到20页增加至2003年的400多页，增加了国防部长办公室在国防计划中的份额，增强了参谋长联席会议和战斗司令部（目前为联合司令部）对国防计划的影响。
进入21世纪，PPBS虽然仍被认为是一个有效工具，但更饱受批评，2000年，国防安全商业执行（BENS）发布的关于PPBS报告，得出过著名的批评：PPBS强调应当做什么而不是需要实施什么，五角大楼的PPBS已经接近于一个仪式而不是一个积极的过程。2001年，罗纳德H.拉姆斯菲尔德（Donald H. Rumsfeld）出任国防部长，他认为PPBS需要大修，“PPBS是一个冷战残余，我想，这是地球上残存的最后一个中央计划产物。”经过一系列的改进后，2004年3年27日，国防部副部长备忘录《PPBE文档与信息控制》发布，标志着PPBE（计划项目预算执行）正式取代PPBS。