1998年9月，成立了由财政部、农业部、中央农村工作领导小组办公室的主要负责同志组成的国务院农村税费改革工作小组。

1998年10月14日中共十五届三中全会通过《中共中央关于农业和农村工作若干重大问题的决定》，把“切实减轻农民负担”作为十条方针的第七条。

一年半以后，2000年3月2日，中共中央、国务院下发《关于进行农村税费改革试点工作的通知 中发〔2000〕7号》文件，在安徽全省进行农村税费改革试点。文件中规定了税费改革试点的四项基本原则的第三项：“实行科学规范的分配制度和简便易行的征收方式。采取以农业税收为主的方式，...，便于基层操作和群众监督。 ”文件规定的农村税费改革试点的主要内容是：

税
屠宰税 取消；
农业特产税，调整，使得农业税和农业特产税不重复交叉征收，农业特产税税率按照略高于农业税税率的原则进行适当调整。随后出台的《财政部、国家税务总局关于调整农村税费改革试点地区农业特产税若干政策的通知 财税〔2001〕93号》规定的农业特产税税率从8%到20%。
农业税，调整，将原农业税附加并入新的农业税。新的农业税税率最高不超过7％。。农业税附加比例最高不超过农业税正税的20％。税费改革后全国大部分地区实行了顶格8.4%税率。
农民承担费用和劳务
原来的村提留包括三项内容：
公积金：五保户供养采用新的农业税附加方式统一收取
公益金：不再固定向农民收取村提留，实行一事一议，由村民大会民主讨论决定，实行村务公开、村民监督和上级审计
管理费：用于村干部报酬和办公管理开支采用新的农业税附加方式统一收取
劳动积累工：取消。村内进行农田水利基本建设、修建村级道路、植树造林等集体生产公益事业所需劳务，实行一事一议，由村民大会民主讨论决定
农村义务工：取消。但在特大防洪、抢险、抗旱等紧急任务，经县级以上政府批准可无偿动用农村劳动力
乡统筹：取消。原来的五项统筹民办事业：
乡村两级办学：由各级政府通过财政预算安排
计划生育：由各级政府通过财政预算安排
抚兵：由各级政府通过财政预算安排
民兵训练：由各级政府通过财政预算安排
修建乡村道路：所需资金不再固定向农民收取。村级道路建设资金由村民大会民主协商解决，乡级道路建设资金由政府负责安排。
一年以后的2001年3月24日，国务院发出《关于进一步做好农村税费改革试点工作的通知 国发〔2001〕5号》文件，要求“扩大试点，积累经验”，具备条件的省份可以全面推开试点。

但一个月后，2001年4月25日，国务院决定暂缓扩大农村税费改革的试点，“集中力量进一步做好安徽省的试点”。

2002年3月27日，国务院办公厅发出《国务院办公厅关于做好2002年扩大农村税费改革试点工作的通知 国办发〔2002〕25号》，决定在16个省(市、自治区)为2002年全省规模农村税费改革。加上原来国定试点两年的安徽、自费试点一年的江苏、自费加入2002年税费改革的浙江与上海，共计20个省(自治区、直辖市)全省农村税费改革。

2003年3月27日，《国务院关于全面推进农村税费改革试点工作的意见 国发〔2003〕12号》，在全国全面推进、铺开税费改革。还要求“逐步缩小农业特产税征收范围，降低税率，为最终取消这一税种创造条件”。

2004年1月1日，《中共中央 国务院关于促进农民增加收入若干政策的意见 中发〔2004〕1号》 在第（十八）款提出“逐步降低农业税税率，今年农业税税率总体上降低一个百分点，同时取消除烟叶外的农业特产税。”这标志着从2000年开始的农村税费改革划上了一个出乎原设计者意料的句号。转向了彻底废除农业税及农民所有费用与劳务负担。

2004年3月5日, 国务院总理温家宝在十届人大二次会议上作《政府工作报告》时宣布：“从今年起，中国逐步降低农业税税率，平均每年降低一个百分点以上，五年内取消农业税。”