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学术界认为中国的农业税制不科学。从世界各国来看，极少单独开征农业税的税种，一般农产品在作为商品的流通各个环节征收或根据农民净所得课税。中国农业税税基包括了农民用于最基本的生存支出，包括基本口粮支出、教育支出和医疗支出等成本。2003年农村税费改革后，农业税仍旧按土地的常年总产量计征，没有考虑当年总收入扣除生产耗费后的实际所得，这个常年产量既包括农民销售的商品粮、口粮和种子等；农业税实际上已退化为定额的“土地税”，或更像“地租”，有人戏称为“田亩税”、“人头税”。
属于不公平税赋
农业税属于不公平税赋。中国大陆自1981年开始，以800元月工资收入为起征点（2006年1月1日开始起征点调整为1600元）开征个人所得税，城镇个体户的增值税按销售额600元——2000元的起征点。农业税并没有起征点和免征额，无论土地常年产量是多少，是自用还是外销都要纳税，按全额计征，不符合税收公平原则。
地区税率差异大
以法定亩（15亩合1公顷）计算的平均税率悬殊。通常的税收负担平原地区大大高于丘陵地区，丘陵地区高于山区；不同行政区之间、相邻生产组织（如生产队）之间普遍存在较大的税率差异，有的相差一倍或更多。事实上随着灌溉条件的改善、病虫害防止手段改善和农作物品种的改良，每亩粮食单产量由二三百斤提高到八百到一千斤，而按照耕地平均计算每亩实物税额基本上自1950年代后期或1960年代初期以后一直维持不变。以湖南农村为例，平均每亩的实物税额从15公斤左右到超过50公斤（稻谷），洞庭湖滨湖区平均税赋最高，而实际按粮食计量的产出相差不到20％左右。
中国农业税评价
会计科目汇编
收入是指企业在销售商品、提供劳务及让渡资产使用权等日常活动中所形成的经济利益的总流入。
个人所得税
收入是指企业在销售商品、提供劳务及让渡资产使用权等日常活动中所形成的经济利益的总流入。
工资，薪金所得计算
收入是指企业在销售商品、提供劳务及让渡资产使用权等日常活动中所形成的经济利益的总流入。
劳务报酬所得计算
收入是指企业在销售商品、提供劳务及让渡资产使用权等日常活动中所形成的经济利益的总流入。
印花计算税
收入是指企业在销售商品、提供劳务及让渡资产使用权等日常活动中所形成的经济利益的总流入。
税款滞纳金计算
收入是指企业在销售商品、提供劳务及让渡资产使用权等日常活动中所形成的经济利益的总流入。
金额大小写转换
收入是指企业在销售商品、提供劳务及让渡资产使用权等日常活动中所形成的经济利益的总流入。
按揭计算器（车贷房贷）
收入是指企业在销售商品、提供劳务及让渡资产使用权等日常活动中所形成的经济利益的总流入。
发票查询
收入是指企业在销售商品、提供劳务及让渡资产使用权等日常活动中所形成的经济利益的总流入。
应税货物或劳务
收入是指企业在销售商品、提供劳务及让渡资产使用权等日常活动中所形成的经济利益的总流入。
应税服务
收入是指企业在销售商品、提供劳务及让渡资产使用权等日常活动中所形成的经济利益的总流入。
车船税
收入是指企业在销售商品、提供劳务及让渡资产使用权等日常活动中所形成的经济利益的总流入。
房屋出租税收
收入是指企业在销售商品、提供劳务及让渡资产使用权等日常活动中所形成的经济利益的总流入。
社保费
收入是指企业在销售商品、提供劳务及让渡资产使用权等日常活动中所形成的经济利益的总流入。
滞纳金计算
收入是指企业在销售商品、提供劳务及让渡资产使用权等日常活动中所形成的经济利益的总流入。
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