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针对当年日本大藏省引入PPBS系统失败的原因及其本身固有的一些缺陷，日本行政学家加藤芳太郎总结了如下4条。
首先，PPBS系统针对不同目标（P）进行严格的自动分类，并按照各个政府部门或者行业进行归类。而在现实中，两个不同部门的合作项目，甚至是两个不同部门的相同或者类似项目（如生物工程开发工程有可能同时被负责科技和负责农林水产的部门所进行）。而这种跨越多个部门或多部门重叠的项目，因其明显不存在于任何一类目标分类中，往往面临较高的被削减预算的风险，而事实上这些计划很可能是需要资金支持的重要项目。
其次，PPBS系统对“主要计划”的数目有严格的限制。这必然在政府各部门之间引发利益分配的争论。如果主要计划数过多，则会和“中项目”，“小项目”之间形成内容重叠，甚至“头重脚轻”的局面。如果主要计划的数目过少，则容易出现一个计划需要兼顾多个“中小项目”，从而导致计划方向性不清。
再者，因为资源有限，PPBS系统甚至经常质疑单个政府部门存在的必要性，因其设计的本来目的即使通过计划安排得出最合理最具效率的预算安排。而在现实中，政府机关的存废却远要比是否效率要复杂的多。因此PPBS系统不被政府系统所喜爱也是可以预见的。
最后，也是极具讽刺意义的是，以提高效率和节省资金为目的的PPBS系统，其本身运转却要消耗大量的人力物力。在美国PPBS系统曾经被戏称为（Paper Producing Budgeting System），以讽刺其浩如烟海般的文案量。
基于以上原因，进入1970年代后，PPBS系统逐渐淡出了主要国家的预算编制领域。
计划项目预算系统缺陷
会计科目汇编
收入是指企业在销售商品、提供劳务及让渡资产使用权等日常活动中所形成的经济利益的总流入。
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