1994年的税制改革大幅提升了中央政府财政收入的水平，但是财政赤字的问题并未改善，并造成了中央与地方财政支出的比例失调，扭曲了中国的中央政府和地方政府之间的关系。通过实行分税制和国税部门垂直管理，中央政府掌握了近60%的财权，但大量的事权下放给地方，加重了地方政府负担，影响了地方政府特别是基层政府的有效运转。学术界发现分税制改革后，特别是1998年住房市场化改革以来，中国城镇住房价格持续上涨，较高的房价水平与较大规模的土地财政相联系，而土地财政的形成与1994年的分税制改革密切相关。分税制改革后，由于中央要求地方政府垄断土地一级市场，各地方政府纷纷加快土地有偿出让制度的推进，1995年山东省土地局上报的《1995年山东省土地管理工作概况》文件中直接指出“土地开始成为地方政府生财、招商、引资的重要手段”。2000年，中国人民大学经济学院周业安教授指出分税制改革导致地方政府的财权与事权不匹配，地方政府为了缓解财政困难，不得不实施土地财政行为。学术界普遍认为，分税制之后，中国经济增长的核心动力是土地开发和城市扩张，促使地方政府开始土地财政之路，造成中国土地、住房价格暴涨，蜗居蚁族相继出现，地方政府暴力拆迁事件屡屡发生。2012年，上海财经大学宫汝凯教授等学者在实证研究的基础上得出结论并确认：1994年分税制财政集权改革导致地方政府财权和事权的不匹配是导致房价持续过快上涨的不可忽视的制度性因素。

2006年，重庆大学陈刚教授等学者发现由于分税制改革后地方政府财政能力不断下降，地方政府进加强了对经济活动干预和对金融系统的汲取，使金融资本配置效率降低，也降低了金融发展对经济增长的促进作用。2010年，南京师范大学蒋伏心、林江等学者认为，分税制使地方政府的财政支持的自主权受到抑制，进而改变了地方政府财政收入的自主权，从而使得一些地方政府在分税制改革后出现了反周期财政政策的特征。1994年分税制改革后，中国的政府财政收入向上级政府集中、社会保障责任等支出则向下级政府转移，结果导致承担社会保障职能的基层单位的财政普遍紧张，造成社会保障职能弱化，此外，现行的转移支付制度与经济发展水平高度相关，贫困地区、农村地区地方政府支出呈现非合理结构，加剧了落后地区、农村地区的社会保障供给不足的情况。

分税制改革后的税收体系存在多种不公平，如省际间的不公平，如增值税属于中央税种，消费税地方留存仅25%，导致了工业发达的省份和正在发展第三产业的省份的地方财政收入受到制约。另外，最显著的表现在，内外资企业的税负水平严重不公平，外资企业在税收上获得了超国民待遇，不仅整体税负水平偏低且税前扣除标准也较内资企业更为宽松。此外，也造成国内一些企业负税加重，制约了企业的长远发展，特别是使中小型民营企业发展困难。中国现行的个人所得税制度是在1994年税制改革的基础上建立的，存在着不利于调节收入分配等诸多问题，使普通民众税负较高，多年来改革的呼声一直较高，但其改革又受制于1994年税制改革的所订立“简化税制”的方针。不合理的所得税等税制，促使贫富两极分化加剧、中产阶级群体萎缩或移民，进而使M型社会加速产生。2017年，中国人民银行研究局局长徐忠撰文指出，1994年的分税制改革后，中央政府与地方政府之间不相匹配的财权事权结构和缺乏有效治理架构导致“一管就死、一放就乱”的局面轮回出现。